Il forte, che si erge maestoso sul punto più alto dell'Isola di Capo Passero, poggia con il suo imponente "massiccio" sulla tenace roccia calcarea che affiora diffusamente sull'isola e che, nel tempo, ha garantito stabilità alla struttura. La costruzione ha perimetro quadrato, con lati di 35 metri. Il basamento, scarpato e privo di aperture, si innalza fino alla quota di 4 metri dal piano campagna; da detta quota si snoda il primo livello, raggiungibile dall'esterno attraverso una rampa di scale a forma di L. Sopra il portale d'ingresso si staglia un grande stemma costituito da un'aquila che regge uno scudo con insegne araldiche. Lo stemma appartiene al Re Filippo III, salito al trono di Spagna e di Sicilia nel 1598.

I muri esterni del forte sono costituiti da blocchi regolari di arenaria ai quattro angoli e, per il resto, da muratura di pietrame calcareo rivestita di intonaco. Tutta la costruzione è concepita attorno ad una corte quadrata, con lato di 12 metri circa. Al centro si trova una grande cisterna dove veniva convogliata l’acqua piovana proveniente dalla terrazza attraverso un sistema di grondaie.

Gli ambienti del primo livello, quindici in tutto, non hanno aperture verso l'esterno e prendono luce ed aria unicamente dalla corte. Ai quattro angoli le stanze sono quadrate e con volte a vela, in muratura di laterizi; le altre, invece, sono rettangolari e con volte a botte. Subito a sinistra del vano d'ingresso si trovava una piccola cappella per le funzioni religiose; gli altri vani del primo livello costituivano invece gli alloggi del cappellano e dei soldati. All'entrata di uno di questi, su un'architrave, è scolpito il seguente motto: "Melius est invidia urgeri quam commiseratione deplorari, 1701". (vedi foto)

Anche le sedici stanze del piano superiore sono per lo più prive di aperture verso l'esterno, fatta eccezione per otto piccole finestre disposte sui quattro lati del forte, senza un apparente criterio di simmetria. La disposizione e le dimensioni delle stanze riflettono per lo più quelle del piano inferiore, con lievi differenze. Un ballatoio, sostenuto da grandi mensole, contorna il perimetro della corte, disimpegnando le stanze di questo livello. Qui si trovavano gli appartamenti del comandante e degli ufficiali. Sull'ampia terrazza di copertura era piazzata l'artiglieria. In corrispondenza dello spigolo di nord-est spicca ora il faro della Marina Militare, la cui portata luminosa è di 10,8 miglia nautiche.

Recentemente il Forte di Capo Passero è stato restaurato e recuperato dall'oblio in cui era sprofondato da molti anni grazie al Progetto Integrato Territoriale (PIT) "Ecomuseo del Mediterraneo", volto alla riqualificazione e valorizzazione delle risorse storiche, architettoniche e naturalistiche del territorio siracusano. Determinante è risultata la collaborazione tra la Soprintendenza ai Beni Culturali e Ambientali di Siracusa, la Provincia Regionale di Siracusa e il Comune di Portopalo di Capo Passero, il cui intento è quello di rendere fruibile questo importante monumento e consentirne l’utilizzo per eventi e manifestazioni di carattere culturale. Il progetto di "Restauro del Forte Spagnolo di Capo Passero", inserito nel POR Sicilia 2000-2006, è stato redatto dalla Soprintendenza ai BB.CC.AA. di Siracusa. Il finanziamento principale proviene da fondi FESR (Fondo Europeo Sviluppo Regionale).