Tra la fine di settembre e i primi di ottobre giunge a Capo Passero il corsaro ottomano Dragut. La sua flotta è costituta da trenta vascelli con circa tremila uomini a bordo. Contrariamente a quanto affermano molti storici, Dragut non distrusse la fortezza spagnola dell'Isola di Capo Passero (che non era stata ancora costruita) ma una piccola torre d'avvistamento chiamata Torre di Capo Passaro (oggi Torre Fano). Lo testimoniano vari documenti dell'epoca.

Con una lettera spedita da Palermo il 28 aprile, la Deputazione del Regno, presieduta dal vicerè Marcantonio Colonna, ordina all'ingegnere regio Giovanni Antonio del Nobile di recarsi a Capo Passero "a riconoscer diligentemente le torri et forti che vi bisognino". L'ingegnere è tenuto a realizzare "un disegno in quella prospettiva che sia bisogno per intiera intelligenza del negozio". A fine dicembre arriva a Capo Passero l'architetto Camillo Camilliani. Il progetto da lui redatto di un forte da costruire sulla penisola del Passarino (l'attuale Isola di Capo Passero) non verrà preso in considerazione.

Il 10 ottobre la Deputazione del Regno, presieduta da Giovanni Ventimiglia, marchese di Geraci (Presidente del Regno), scrive ai giurati di Noto esprimendo la ferma volontà di "metter in essecutione l’opera lungamente procurata d'un forte designato a Capo Passaro" per una spesa preventivata di 18.000 scudi, chiedendo un aiuto finanziario. Altre lettere dello stesso tenore vengono inviate ai giurati di Siracusa e al governatore di Modica.

Il 25 marzo il vicerè Bernardino de Cardines, duca di Maqueda, nomina depositario dei denari della fortezza il barone netino Carlo Giavanti. In primavera iniziano i lavori di costruzione del forte sotto la direzione tecnica dell'ingegnere regio Diego Sanchez (definito negli atti notarili ingegnerius fabrice Pachinni). Dal 12 maggio 1599 al 20 maggio 1600 il barone Giavanti eroga allo spagnolo Geronimo Trugillo "pagador de las fabricas di Cabo Paxaro", in dieci soluzioni, un totale di 2500 onze per pagare le maestranze e i materiali da costruzione.

Il 27 luglio i tre Bracci del Parlamento siciliano (ecclesiastico, militare e demaniale) offrono al re Filippo III un donativo di 21.000 scudi per "fortificare il Capo Passaro", da riscuotersi in tre anni imponendo un’apposita tassa a tutte le città e terre del Regno di Sicilia.

In primavera, dopo un'interruzione durata tre anni, riprendono i lavori di costruzione della fortezza. A presidiare il Capo Passero, fin dal mese di febbraio, il vicerè Lorenzo Suarez de Figueroa, duca di Feria, aveva inviato una compagnia di fanteria spagnola al comando del capitano Alvaro Vives Sedano.

Il 15 gennaio viene redatto il capitolato d’appalto per i lavori di completamento della fortezza (realizzazione degli alloggi destinati ai soldati e agli ufficiali). Il vicerè incarica il capitano d'armi Alfonso Madrigal, commissario generale delle torri e delle guardie marittime, di dare "a staglio" i lavori tramite gara d’appalto. Il 15 marzo si ha notizia che i lavori sono già stati dati in appalto. Risulta aggiudicatario mastro Domenico Caristi, messinese, residente a Palazzolo. Secondo gli accordi contrattuali, alla fabbrica devono lavorare almeno dodici mastri muratori effettivi, oltre ai manovali necessari. Ad aprile, su richiesta del capitano Giovanni Arrojo, nuovo soprintendente del forte, il vicerè dispone di far arrivare da Siracusa, via mare, due cannoni, trenta archibugi e trenta mezze picche "per guarnitione e defensione della torre novamente fabricata nel Capo Passaro".

A settembre la fortezza è completata sotto la direzione tecnica dell'ingegnere Giulio Lasso. Gli ultimi interventi riguardano la posa in opera di "tres tabulas lapideas": lo stemma del re Filippo III, quello del vicerè Giovanni Ferdinando Paceco e una lapide commemorativa "cum literis sculptis". Il 2 ottobre giunge alla fortezza il vicerè Giovanni Ferdinando Paceco, marchese di Vigliena, insieme a tutta la sua famiglia e ad un numeroso stuolo di notabili, ministri, ufficiali, soldati e personale di corte. Probabilmente il vicerè è atteso per presiedere alla cerimonia di inaugurazione. Lo stesso giorno il vicerè e il suo seguito proseguono per Noto (Antica) dove si soffermano fino al 5 ottobre.

Sotto il viceregno di Pietro Giron, duca d'Ossuna, la guarnigione del forte è costituita da un caporale, un cappellano, nove soldati semplici, due artiglieri e un barbiere.

Erasmo Magno da Velletri, in navigazione su una galera toscana lungo le coste del Mediterraneo a caccia di navi barbaresche, a fine maggio giunge a Capo Passero e realizza un disegno del forte, il più antico ad oggi conosciuto.

Il primo settembre muore l'alfiere Lope di Medrano, "castellano" della fortezza di Capo Passero sin dal 1623. Per sua volontà testamentaria viene sepolto nella cappella del forte, "sutta la fonti di l’acqua benedetta", dove ancora oggi si trova la lastra tombale in marmo che reca inciso il suo nome. Sposato con la nobildonna netina Dororea Sortino, il Medrano morì molto probabilmente di peste. Nell’Archivio di Stato di Siracusa, sezione di Noto, è custodito il testamento scritto di proprio pugno dal Medrano pochi giorni prima di morire.

Il maestro incisore e disegnatore Francesco Negro, su incarico del re Filippo IV, realizza il primo rilievo architettonico (planimetrico e prospettico) del forte di Capo Passero.

Il pittore olandese Willem Schellinks, nel suo tragitto verso Malta, si ferma una notte a Capo Passero e ritrae una "veduta pittoresca del forte di Capo Passaro".

Un documento notarile del 21 settembre ci informa che la cappella ubicata all’interno della fortezza è dedicata al Santissimo Sacramento. Gli storici l'hanno sempre attribuita alla Madonna dell’Annunciazione.

Si ha notizia del proditorio assalto di due vascelli nemici che mette a repentaglio la sicurezza del forte. Grazie però all'intervento della milizia della città di Noto vengono "discacciati li riferiti nemici dal detto forte". Il vicerè Claudio Lamoraldo, principe di Ligne, si congratula dell'impresa con i giurati di Noto "havendo servito per negotio cossì importante alla Real Corona, come è il soccorso e difesa del suo forte".

Il forte è presidiato da soldati spagnoli al comando del capitano don Manuel Bustamante. La guarnigione conta 10 soldati semplici, un munizioniere, due artiglieri, un tamburino, due barcaioli (uno è italiano) e un barbiere, più il cappellano don Filippo Arcera.

L'ingegnere militare italiano Giuseppe Formenti realizza una planimetria a volo d'uccello della "Pen isla y castillo de Cavo Pajaro".

La guarnigione del forte conta 25 soldati spagnoli con a capo il castellano, don Francesco Carta, originario di Palermo.

Il forte è presidiato da soldati tedeschi.

A ottobre il cavaliere siracusano Gaspare Diamante, carcerato nel forte per ordine di Sua Eccellenza il Vicerè, si suicida gettandosi dalla terrazza.

In forza di un breve apostolico di Papa Benedetto XIV (5 marzo 1753) viene sancito che la piccola cappella del forte non può garantire l'immunità ecclesiastica a colore che, in conflitto con la legge, si rifugiano al suo interno.

L'aristocratico scozzese Patrick Brydone, autore del libro "A tour trhough Sicily and Malta", giunge a Capo Passero il 2 giugno e ne descrive i luoghi e la fortezza. Dalla conversazione con un ufficiale della guarnigione viene a conoscenza "che il forte di Capo Passaro serve come luogo d'esilio per i delinquenti militari".

Il reo Francesco Iaconelli della città di Agrigento viene portato nel carcere del forte per scontare una pena detentiva. Lo Iaconelli riesce a fuggire dopo aver "discassato" la prigione, ma viene riacciuffato dopo due giorni di ricerche.

Il pittore Louis Ducros, nel suo viaggio in Sicilia, ritrae l'isola e la fortezza in un dipinto dal titolo "Vue du Cap Passaro (Pachynum Promontorium)".

Il sacerdote Antonino Maria Tedeschi, in un manoscritto dal titolo "Commentari sacro-politici di Noto", interpreta erroneamente un passo del libro "De rebus netinis" di Vincenzo Littara (1593) affermando che il "Castello detto di Capo Passaro" fu distrutto da Dragut nel 1526. La falsa notizia è riportata dal parroco Simone Sultano nel libro "Pachino e i suoi dintorni" (1939) e successivamente da altri autori, compresi autorevoli storici, in molte pubblicazioni.

Il "governatore" del forte è lo spagnolo Michele Cortada. Il cappellano "regij oppidi castri Pachini" è don Luca Bonfiglio. Leonardo, Gabriele e Francesco Chiaramida sono marinai barcaioli a servizio del forte. Carmelo Melfi è "medicus fisicus". Pietro Russo, oriundo di Spaccaforno, è "barbitonsor".

A novembre alcuni ingegneri militari italiani redigono la pianta del forte con la rappresentazione dei tre piani e la distribuzione degli alloggi e delle stanze di servizio.

A dicembre lo scrittore e drammaturgo inglese John Galt, nel tragitto da Siracusa a Malta, è costretto dal maltempo a ripararsi presso il Capo Passero. Nel suo resoconto di viaggio "The autobiographi of John Galt" lascia un'interessante testimonianza della sua visita al forte, sostenendo che "il piccolo castello è usato come luogo di confino per criminali che sono stati condannati ad una reclusione perpetua".

L'ufficiale della marina britannica sir William Henry Smyth, nel corso di un'indagine conoscitiva sulle fortificazioni costiere siciliane, viene ospitato a Capo Passero dal comandante del forte, don Orazio Mottola, "vecchio gentiluomo d’antico stampo, con venerabili capelli bianchi e le decorazioni dell'ordine di Costantino sulla sua antiquata ma linda uniforme".

Ufficiali militari austriaci redigono la pianta e la sezione del forte di Capo Passero.

E' l'ultimo anno in cui è attestata la presenza di militari nel forte a guardia di carcerati condannati per reati comuni.

Viene costruito un piccolo faro sullo spigolo di nord-est. Il forte inizia ad essere abitato da personale della Marina Militare che provvede all'accensione notturna dell’impianto. Si tratta di un faro diottrico di quinta classe, ad una fiamma, a luce intermittente bianca con splendori rossi, con portata di 14 miglia.

Il faro viene sostituito con uno più moderno alimentato con gas acetilene. Negli anni della prima guerra mondiale il forte è presidiato da una squadra di artiglieri dell'Esercito italiano che coabita con i militari della Marina.

Per l’accensione del faro viene adottato il meccanismo olandese "a valvola solare", alimentato a gas propano. Appena il nuovo congegno è in grado di funzionare autonomamente, finisce il servizio di guardianìa al faro e la gestione viene affidata ai responsabili del vicino Faro Cozzo Spadaro.

In seguito all'applicazione dei D.P.R. n° 365 e n° 637 del 30/08/1975, con i quali viene sancito il passaggio delle competenze in materia di beni culturali e ambientali dallo Stato alle Regioni, il forte di Capo Passero diviene proprietà della Regione Siciliana.

Vengono avviati dei lavori di restauro del forte sotto la direzione della Soprintendenza ai Monumenti della Sicilia Orientale.

Il faro funziona elettricamente, con alimentazione da energia fotovoltaica, mediante controllo telematico a distanza. La sua portata luminosa è di 10,8 miglia mentre la caratteristica luminosa è: luce 1", eclissi 2", luce 1", eclissi 6", periodo di 10"

Si porta a compimento, dopo quasi tre anni di lavori, il restauro del forte, grazie al Progetto Integrato Territoriale (PIT) Ecomuseo del Mediterraneo che vede la collaborazione tra la Soprintendenza ai BB.CC.AA. di Siracusa, la Provincia Regionale di Siracusa e il Comune di Portopalo di Capo Passero. Il progetto è inserito nel POR Sicilia 2000-2006. Il finanziamento principale di 1.807.600 euro proviene da fondi FESR (Fondo Europeo Sviluppo Regionale).

L'8 settembre si svolge, a Portopalo di Capo Passero, la cerimonia ufficiale di inaugurazione del forte. La struttura sarà resa fruibile ai turisti ed utilizzata per manifestazioni culturali.